Services proposés
Le LITC est une structure ouverte à l'ensemble des partenaires en recherche et développement, du domaine public et privé sans aucune restriction d'ordre géographique, thématique ou institutionnel.
Il existe 2 types de prestations :
- Mise à disposition d'équipements de la plateforme pour une utilisation avec assistance ou en autonomie après formation par le personnel du plateau (voir règlement intérieur).
- Gestion de projet : réalisation des travaux de microscopie photonique et/ou d’analyse d’image et de traitement du signal par les ingénieurs du LITC partiellement ou en totalité selon un cahier des charges défini au préalable par le porteur de projet.
Nous vous invitons à nous contacter pour déterminer la prestation la plus adaptée à votre objectif de recherche. Lors de ce premier rendez-vous nous établirons l'approche scientifique, le délai et le coût de sa réalisation.
Traitement d’image et du signal
Par ailleurs, la plateforme LITC dispose de compétences en traitement d'image et du signal adaptées aux outils d'imagerie présent dans le site.
- Outils de visualisation et de représentation 4D, management des données
- Restauration d'image (débruitage, déconvolution, recalage d'image, restauration des contours, filtrage spatial)
- Segmentation d'image et détection d'objet (détection de noyaux, segmentation de cellules et détection de spots)
- Analyses multiparamétriques des populations, représentation phénotypique et détection de phénomènes rares
- Suivi de particules, analyses des mouvements et de diffusion des protéines
MISE EN AUTONOMIE
La plateforme LITC propose aux utilisateurs une mise à disposition d'outils sur des stations de travail dédiées:
Logiciels intégrés et généralistes :
- IMARIS : logiciel qui intègre le management des données, la visualisation 4D, la segmentation des cellules et le suivi temporel
- ICY et Fiji : Deux stations de travail sont dédiées pour l'utilisation des fichiers lourds
- CellProfiler et Cell analyst : Logiciel d'analyse moyen débit et de machine learning
Logiciels spécialisés :
- Huygens Fresnel : trois stations de travail sont à disposition pour la déconvolution d'images (imagerie confocale et grand champ).
- Harmony : logiciel couplé à l'Operetta pour l'analyse multiparamétrique des populations. Intuitif, ce software offre la possibilité d’analyser en parallèle de multiples paramètres cellulaires structuraux et fonctionnels. Un serveur dédié permet le stockage, la gestion et l’analyse des données à distance.
PRESTATIONS SOUS ASSISTANCE
La plateforme LITC propose aux utilisateurs une expertise avancée en traitement d'image et propose des outils en constante amélioration en collaboration avec les différents GDR nationaux (microscopie et imagerie du vivant) et des laboratoires spécialisés en imagerie et traitement du signal. Cette expertise proposée avec l'aide du personnel de la plateforme inclue:
Débruitage automatisé
Superresolution
- Reconstruction SIM aveugle sur échantillon complexe (voir développement)
- Traitement des images PALM/STORM : correction de drift, reconstruction
Suivie de particule, analyse des mouvements et de diffusion des protéines :
- Analyse diffusion par FRAP
- Analyse des fluctuations (PIV, ICS, RICS)
- Logiciels de suivi d'objet (NIS element, Volocity, Imaris, ImageJ…)
Analyse par optomanipulation
- Analyse mécanique par photo-ablation.
- Analyse de force dans les cellules vivantes et dans les tissus par pince optique (voir développement)
Segmentation d'image automatisé et analyse 3D
- Implémentation linux du software edge4D
- Solution logiciel dédiée sous forme de routine (Matlab)
- Développement de macros et Plugin java (ImageJ) pour le traitement automatisé des images.
Résumé des Logiciels disponibles :
